Las excavaciones arqueológicas indican que el hombre lleva en la isla de Nueva Guinea unos 60.000 años. Los primeros colonos llegaron probablemente por mar desde el sudeste asiático durante la Edad de Hielo. En cuanto al contacto con los europeos, los primeros navegantes en llegar a Nueva Guinea fueron los portugueses y españoles a principios del siglo XVI. Comerciaron con los lugareños, intercambiando cerámica, conchas, alimentos y recursos forestales. El famoso explorador portugués Jorge de Menezes fue probablemente el primero en llegar a las costas de Nueva Guinea en 1526-1527. Al mismo tiempo, los españoles, en particular Álvaro de Mendaña, también exploraron la región en la década de 1560. A pesar de las exploraciones de los navegantes españoles y portugueses, sus banderas no se establecieron en el territorio de Nueva Guinea, ya que estos estados no ejercían un control político o militar a largo plazo sobre las islas.

En el siglo XVII, los holandeses exploraron activamente la región y cartografiaron sistemáticamente Nueva Guinea. En 1623, el navegante holandés Jan Carstens visitó la costa sur de Nueva Guinea. Sin embargo, como en el caso de españoles y portugueses, los holandeses no establecieron una colonia permanente y, por tanto, no plantaron su bandera en el territorio. Los británicos también realizaron expediciones a Papúa Nueva Guinea antes de la declaración oficial del protectorado en 1884. Uno de los exploradores más famosos fue el capitán James Cook, que visitó islas vecinas como Nueva Irlanda en 1774, en su segundo viaje al Pacífico.

Aunque Cook no desembarcó en Nueva Guinea, influyó en los posteriores esfuerzos británicos de exploración y colonización. En los siglos XVIII y XIX, los exploradores franceses también viajaron a Papúa Nueva Guinea. Por ejemplo, Louis Antoine de Bougainville realizó investigaciones en el Pacífico en la década de 1760. Aunque no plantó su bandera en la isla, su expedición formaba parte de un interés francés más amplio por la región. A partir de 1884, el territorio de la actual Papúa Nueva Guinea fue objeto del dominio colonial de dos potencias, Gran Bretaña y Alemania. Era imposible que dos estados gobernaran simultáneamente el mismo territorio, por lo que éste se dividió en:
- Nueva Guinea Británica: Gran Bretaña gobernaba la parte sureste de Nueva Guinea, incluido el territorio conocido hoy como Papúa;
- Nueva Guinea Alemana: Alemania controlaba la parte noreste de la isla, incluidas las islas adyacentes que hoy forman parte de Papúa Nueva Guinea.
La bandera de Nueva Guinea Británica era la Union Jack, y la bandera de Nueva Guinea Alemana era la bandera Imperial Alemana (tricolor negra, blanca y roja), ondeando en el cantón, con un león negro sosteniendo un lirio heráldico rojo en el lado derecho de la bandera. El león simboliza la fuerza y el poder, y el lirio heráldico, la nobleza y la pureza.

Además de la habitual Union Jack británica, hay banderas coloniales británicas que tienen un diseño típico: la Union Jack en la esquina superior izquierda (cantón) y diversos símbolos, letras o escudos de armas en la parte derecha de la bandera (normalmente sobre fondo azul o rojo). Estas banderas también se utilizaban en el territorio de la actual Papúa Nueva Guinea:
- «N.G.» (Nueva Guinea): Esta bandera se utilizaba para designar el territorio de la Nueva Guinea británica y la administración británica. La bandera tenía un fondo tradicional azul o rojo (según la finalidad: rojo para la marina civil y azul para los organismos gubernamentales) con la Union Jack en el cantón. En el lado derecho de la bandera estaban las letras «N.G.» - abreviatura de «Nueva Guinea»;

- «B.N.G.» (Nueva Guinea Británica): Esta versión de la bandera representaba a «Nueva Guinea Británica», que se convirtió en colonia oficial en 1888. El diseño era similar al de la versión anterior: Union Jack en el cantón y las letras «B.N.G.» en el lado derecho de la bandera;
- «T.N.G.» (Territorio de Nueva Guinea): Después de la Primera Guerra Mundial, cuando la Nueva Guinea alemana quedó bajo el mandato de la Sociedad de Naciones, el territorio pasó a ser administrado por Australia como «Territorio de Nueva Guinea». La bandera utilizada en este territorio era un diseño tradicional británico con la letra «T.N.G.» sobre fondo azul, que simbolizaba «Territorio de Nueva Guinea»;

- «PAPUA": La bandera con la inscripción «PAPUA» se utilizaba para denotar el Territorio de Papúa, que incluía la parte sureste de Nueva Guinea después de que pasara a estar bajo administración australiana en 1906. Esta bandera simbolizaba la administración del territorio bajo el mandato australiano.
Durante la Segunda Guerra Mundial, en 1941, Japón ya controlaba importantes territorios en Asia, como Filipinas, Indonesia e islas del océano Pacífico. Como parte de su plan de expansión, el ejército japonés lanzó una invasión de Nueva Guinea a principios de 1942. Su primer éxito fue la captura de Rabaul, en la isla de Nueva Bretaña, en enero de 1942, que rápidamente se convirtió en la principal base militar japonesa de la región. Japón se hizo con el control de ciudades como Madang, Vevak y Buna, mientras que la parte sur de Nueva Guinea, incluido Puerto Moresby, permaneció bajo el control de los Aliados, que consiguieron detener a las fuerzas japonesas en la Batalla del Mar del Coral y durante la campaña de la carretera de Kokoda. La bandera japonesa, conocida como Hinomaru (日の丸), se izó en los territorios ocupados.

Una de las batallas más importantes fue la batalla de Mila Bay, en agosto de 1942, en la que las tropas japonesas fueron derrotadas por las fuerzas australianas y estadounidenses. La Campaña de la Carretera de Kokoda, que duró de julio a noviembre de 1942, fue una de las batallas más difíciles del Frente del Pacífico, en la que los japoneses intentaron capturar Port Moresby, pero fueron derrotados. En 1943, los Aliados lanzaron una contraofensiva a gran escala, expulsando gradualmente a las tropas japonesas de Nueva Guinea. A finales de 1944, las principales fuerzas japonesas fueron derrotadas o se retiraron, y los territorios de Nueva Guinea fueron liberados de la ocupación. Tras la guerra, Papúa Nueva Guinea volvió al control de Australia, que la gobernó hasta su independencia en 1975.
Así, la última bandera utilizada hasta la adopción de la bandera moderna en 1971 fue la australiana. Pero se utilizó durante varios periodos:

- Territorio de Papúa (1906-1949): En 1906, Nueva Guinea Británica pasó a estar bajo administración australiana y cambió su nombre por el de Territorio de Papúa. La bandera nacional australiana se utilizó con fines oficiales en todo el territorio, en edificios administrativos, oficinas gubernamentales y durante actos oficiales;
- Territorio de Nueva Guinea (1919-1949): Después de la Primera Guerra Mundial, cuando Nueva Guinea Alemana quedó bajo el mandato de la Sociedad de Naciones y pasó a ser administrada por Australia, la bandera nacional australiana también se utilizó en este territorio;
- La Administración Unida de Papúa y Nueva Guinea (1949-1975): En 1949, los territorios de Papúa y Nueva Guinea se unieron en una sola unidad administrativa, el Territorio de Papúa y Nueva Guinea. Durante este periodo, la bandera australiana siguió siendo la principal bandera oficial.