A mediados del siglo XIX, Samoa atrajo la atención de las potencias europeas que buscaban ampliar su influencia en la región del Pacífico. La bandera utilizada en Samoa durante este periodo era un campo rojo con una media luna blanca y una estrella, que recordaba a la bandera otomana de la misma época, aunque no hay pruebas directas de la influencia del Imperio Otomano en Samoa, y no tenía carácter oficial.

En 1873, Alemania, Gran Bretaña y Estados Unidos empezaron a expandir activamente su influencia en Samoa, concluyendo acuerdos comerciales con los jefes locales y abriendo sus propios puestos comerciales. Además de las banderas de las potencias europeas, Samoa también tenía banderas locales utilizadas por varios jefes que promovían la afiliación a una potencia colonial en particular.
Desde 1875, se utiliza una bandera roja con una cruz blanca y una estrella blanca en el cantón. Era reconocida por la gente que apoyaba a Malietoa Laupepa como jefe supremo de Tuamasaga (un distrito administrativo de Samoa situado en la parte central de la isla de Upolu).

Malietoa Laupepa fue proclamado rey de Samoa en 1868 bajo la influencia del cónsul británico y fue coronado por primera vez en 1875. Sin embargo, no fue aceptado por las facciones Tumua Atua y Aana (aunque anteriormente le habían apoyado), y posteriormente formaron su propio gobierno dirigido por Tupua Tamasese. En 1887, los militares alemanes obligaron a Malietoa Laupepa y a otros jefes a firmar un documento que proclamaba a Tui A'ana Tupua Tamasese Titimaea como rey de Samoa. La bandera de Tupua Tamase era un campo blanco con una cruz negra sobre la cruz blanca de Laupepa y una estrella blanca de cinco puntas en un cantón rojo, lo que resaltaba aún más los colores alemanes. En 1888, estalló una guerra civil contra Tamase y sus aliados alemanes, lo que llevó a la firma del Acta General de Berlín del 14 de junio de 1889 por parte de Alemania, Gran Bretaña y Estados Unidos, que proclamó a Laupepa rey de nuevo y volvió a poner en uso su bandera roja y blanca.

En 1900, tras la división de Samoa entre las potencias coloniales, Samoa Occidental pasó a estar bajo el control del Imperio Alemán. Durante este periodo, se utilizó una bandera estándar para las posesiones coloniales alemanas: la bandera del Imperio Alemán, llamada «Reichsadler». Esta bandera consta de tres franjas horizontales: negra, blanca y roja, como símbolo de la unidad alemana, con un emblema de águila negra en el centro. El águila representa la grandeza imperial y la soberanía, y la corona sobre su cabeza subraya el estatus de Alemania como poderosa monarquía. El águila imperial se utilizó en el territorio de Samoa hasta 1914, cuando fue ocupado por las tropas neozelandesas.

Nueva Zelanda invadió Samoa al comienzo de la Primera Guerra Mundial, concretamente el 29 de agosto de 1914. Hasta 1920, se utilizó la bandera actual de Nueva Zelanda: un paño azul con la Union Jack en el cantón y 4 estrellas rojas de la Cruz del Sur rodeadas de un contorno blanco. El 28 de junio de 1919 se firmó el Tratado de Versalles, según el cual los antiguos territorios alemanes de Samoa pasaron a estar bajo el mandato de la Sociedad de Naciones, y Nueva Zelanda obtuvo oficialmente nuestro control el 17 de diciembre de 1920, aunque en realidad nos gobernaba desde 1914. Al mismo tiempo, se introdujo la bandera oficial azul con la imagen de tres palmeras en la arena.

Los tres cocoteros (1) pueden indicar la presencia de la Fuerza Expedicionaria de Nueva Zelanda (NZEF) en Samoa durante la Primera Guerra Mundial (1914-1918). La escarapela (2) del sombrero de la NZEF presentaba tres palmeras, una corona y una rama de helecho. Las palmeras se tomaron prestadas de una bandera de Samoa Alemana propuesta anteriormente (3), que no fue adoptada.

Tras la Segunda Guerra Mundial, Samoa Occidental se convirtió en territorio en fideicomiso de las Naciones Unidas y posteriormente pasó a estar bajo la jurisdicción de Nueva Zelanda. En 1948, Samoa adoptó su propia bandera roja con cuatro estrellas blancas de la constelación de la Cruz del Sur en un cantón sobre fondo azul, y más tarde se añadió una quinta estrella a la constelación. Samoa Occidental se independizó el 1 de enero de 1962, y más tarde pasó a llamarse Estado Independiente de Samoa.