En la Edad Media, la bandera eslovaca original estaba formada por franjas rojas y blancas (la roja solía estar en la parte superior). El registro más antiguo de la bandera eslovaca se encuentra en el sello de la ciudad de Nitra de la época de Bela IV (1235-1270), que representa una cruz blanca sobre fondo rojo. La forma moderna de la bandera se creó durante la revolución de 1848-1849, cuando los eslovacos lucharon contra los húngaros. Al principio se utilizó una bandera roja y blanca sin escudo, pero en septiembre de 1848 se añadió una franja azul y la bandera pasó a ser roja, azul y blanca. Algunas banderas también llevaban el escudo nacional húngaro, pero el color de las coronas solía cambiarse por el azul, que corresponde a los colores modernos del escudo eslovaco. El uso del escudo húngaro mostraba el deseo de los eslovacos de que su nación fuera reconocida dentro de Hungría. El orden de las franjas permaneció igual hasta 1868, y esta bandera fue utilizada activamente por las asociaciones eslovacas en Estados Unidos.

Tras la creación de Checoslovaquia en 1920, se creó una nueva bandera, consistente en la bandera checa estándar blanca y roja con un triángulo azul. Por ley, la República Checa moderna utiliza esta bandera, aunque esto viola el Acta de Partición de Checoslovaquia de 1992, que prohíbe el uso de símbolos checoslovacos a los estados sucesores.
Sin embargo, los eslovacos también utilizaron su bandera de tres franjas después de 1918, y en 1919 se autorizó oficialmente el uso de esta bandera en Checoslovaquia. Después de que Eslovaquia declarara su autonomía en 1938, esta bandera de tres franjas pasó a ser oficial. Al mismo tiempo, los eslovacos utilizaron temporalmente una bandera con una doble cruz roja en un círculo blanco sobre fondo azul como símbolo de la lucha por la autonomía y la soberanía.

La Primera República Eslovaca utilizó la bandera nacional moderna sin el escudo de armas eslovaco entre 1939 y 1945. El escudo se añadió a la bandera por primera vez en 1991 para evitar confusiones con las banderas de Rusia y Eslovenia. Sin embargo, debido a los problemas políticos existentes, la nueva bandera con el escudo no se introdujo hasta 1992. Algunos detalles de la forma de la bandera nacional eslovaca no se determinaron hasta la Ley de la Asamblea Nacional de la República Eslovaca de 18 de febrero de 1993. Según esta ley, la altura del escudo de armas es igual a la mitad de la anchura de la bandera, y el escudo está rodeado por una franja blanca cuya anchura es igual a la centésima parte de la longitud de la bandera.