La primera aparición de la bandera no fue del Estado, sino como bandera personal del conde Josip Jelacic-Bujemski (un comandante austriaco de origen croata). Contenía una bandera roja y blanca de Croacia y otra blanca y azul de Eslavonia, y en el centro había un escudo con una corona real dividido en tres partes que contenían
- el escudo de Croacia: un campo en damero blanco y rojo
- el escudo de Eslavonia - la parte superior azul con la imagen de una estrella, y entre dos líneas blancas que simbolizan ríos, hay una imagen de una marta sobre fondo rojo;
- el escudo de Dalmacia es un escudo azul con tres cabezas de león.
Esta bandera se izó por primera vez el 5 de junio de 1848, durante la entronización de Josip Jelacic como Ban. Desde entonces, los croatas utilizan la tricolor roja, blanca y azul como símbolo nacional. Durante algún tiempo, hasta la década de 1860, el uso de la tricolor estuvo prohibido, pero luego fue adoptado oficialmente por el acuerdo de paz croata-húngaro de 1868.
En 1918, Croacia perdió su condición de Estado y, en consecuencia, su bandera oficial. En aquel momento, sólo existía una bandera tricolor, sin escudo de armas en el centro. En 1939, el escudo con un tablero de ajedrez se convirtió en el escudo del Día Nacional Croata y en un símbolo único de identidad política y nacional. Aunque la mayoría de las banderas durante la Guerra de Independencia croata tenían un escudo de armas, también se utilizó una tricolor simple sin escudo de armas.

En el periodo de 1943 a 1945, se utilizó la bandera del Estado Federal de Croacia. Después, hasta 1947, se utilizó una bandera absolutamente idéntica, pero con otro nombre: la bandera de la República Popular de Croacia, y en el tercer periodo, de 1947 a 1990, la bandera de la República Socialista de Croacia. En general, este periodo del 43 al 90 puede unirse por una bandera común, ya que era casi idéntica y se parecía a una tricolor roja, blanca y azul con una estrella roja en el centro. Sólo en la última iteración de esta bandera se agrandó la estrella y se le añadió un contorno dorado.
En 1990, Croacia volvió a utilizar la antigua tricolor con un tablero de 25 cuadrados rojos y blancos. Una versión de la nueva bandera de la República de Croacia se exhibió oficialmente por primera vez el 30 de mayo de 1990 en la plaza Ban Jelacic, y el 21 de diciembre adquirió su aspecto actual con un escudo y una corona en forma de los cinco escudos históricos de los países croatas.