El 7 de abril de 1848, un grupo de estudiantes liderados por el activista nacionalista liberal y poeta Lovro Toman izó la primera bandera eslovena en Liubliana. Las autoridades austriacas la adoptaron como bandera oficial de Carniola, a pesar de la fuerte oposición de Alemania. Por lo general, el gobierno austriaco suprimía los emblemas no alemanes en todo el imperio, pero este reconocimiento regional fue una excepción.
Temiendo que las banderas con más de tres colores pudieran provocar un levantamiento, el gobierno central austriaco ordenó que las banderas regionales y la bandera del imperio se limitaran a dos colores cada una. Por ello, el pueblo esloveno se alegró mucho cuando la tricolor carniola -blanco, azul y rojo- fue adoptada oficialmente como símbolo de la Eslovenia Unida. En algún momento de la segunda mitad del siglo XIX, la tricolor eslovena suplantó en importancia a todos los demás símbolos nacionales.
Incluso después de que Eslovenia pasara a formar parte de Yugoslavia con una bandera con el azul en la parte superior, la bandera con sus vivos colores seguía siendo fácilmente reconocible. Aunque fue prohibida y sus usuarios castigados por el gobierno fascista, fue utilizada por los eslovenos de la Marcha Juliana, conquistados por Italia en el periodo de entreguerras. El escudo de Eslovenia, diseñado por Marko Poganik, se adoptó oficialmente después de que el país declarara su libertad de Yugoslavia. El 27 de junio de 1991, tras muchos meses de discusiones sobre el escudo de la nueva república, se eligió la bandera.
