La historia de las Islas Cook se remonta a 1595. El explorador español Álvaro de Mendaña fue el primer europeo que vio las islas. Sin embargo, la verdadera exploración del archipiélago la llevó a cabo en 1773 el capitán británico James Cook, que da nombre a las islas.
En 1888, las islas se convirtieron oficialmente en un protectorado británico. Esto se hizo a petición de los líderes locales para proteger las islas de Alemania. Durante este periodo, en las islas se utilizó la bandera británica, la Union Jack.
A principios del siglo XX, en 1901, las Cook se anexionaron a Nueva Zelanda, de nuevo bajo dominio británico. La bandera de Nueva Zelanda y la Union Jack británica siguieron utilizándose como símbolos oficiales en el territorio de las islas.


En 1965, las Islas Cook obtuvieron el derecho al autogobierno, quedando como territorio libremente asociado a Nueva Zelanda. Unos años más tarde, en 1973, se convocó un concurso para desarrollar un nuevo diseño de bandera, al que se presentaron unos 120 diseños. La ganadora fue una variante consistente en un paño verde sólido, sobre el que se colocaron 15 estrellas amarillas en forma de círculo en el lado derecho de la bandera (en el lado opuesto al asta), que simbolizaban las 15 islas que componen el archipiélago. El color verde simbolizaba la naturaleza, la fuerza de la tierra y de la nación, mientras que las estrellas eran símbolos del cielo, la fe en Dios, y su colocación en círculo simbolizaba la unidad entre todos los atolones de las Islas Cook.

El 4 de agosto de 1979 tuvo lugar la última modificación de la bandera. Se decidió utilizar la «Blue Ensign» británica, como hace Nueva Zelanda en su bandera, es decir, un fondo azul con la bandera británica en el cantón (Union Jack). Al mismo tiempo, el simbolismo principal de la bandera anterior -un círculo de 15 estrellas- se trasladó a la bandera moderna, cambiando únicamente su color de amarillo a blanco.