La bandera actual de El Salvador fue adoptada por la Asamblea Nacional el 21 de agosto de 1823. Los colores fueron elegidos por Manuel José Arce cuando era el líder de la milicia salvadoreña que luchó contra la anexión de Centroamérica a México en 1822. Arce creó la bandera de la provincia de El Salvador con seda blanca y azul, inspirándose en los colores de los héroes argentinos San Martín y Belgrano. La bandera fue consagrada el 20 de febrero de 1822 y se convirtió en el símbolo nacional de El Salvador. Sin embargo, el poder legislativo no la adoptó como símbolo nacional hasta el 17 de mayo de 1912. El Presidente de la República, Manuel Enrique Araujo, izó la bandera por primera vez en una ceremonia ceremonial en la tribuna presidencial el 15 de septiembre de ese año, convirtiéndola oficialmente en el nuevo símbolo nacional.

La bandera nacional de El Salvador en 1877 constaba de 5 franjas azules y 4 blancas. En la esquina superior izquierda había un cuadrado rojo con 14 estrellas blancas que simbolizaban los departamentos del país. La bandera anterior sólo tenía 9 estrellas (1865) porque entonces sólo había 9 departamentos, pero con el tiempo el número de estrellas aumentó: en 1865 a 11, en el 69 a 12, en el 73 a 13, y finalmente, de 1877 a 1912, el número de estrellas aumentó a 14.

El 17 de mayo de 1912, la bandera adquirió un aspecto moderno, pero durante un breve periodo de tiempo, de 1921 a 1922, el diseño de la bandera sufrió ligeros cambios - el color azul fue sustituido por el azul, y en el escudo central apareció la inscripción "REPUBLICA FEDERAL DE CENTRO AMERICA". En 1922, se volvió al diseño anterior, y desde entonces la bandera se utiliza de esta forma.