A lo largo de su historia, la bandera de Honduras ha cambiado varias veces, aunque su diseño ha permanecido conceptualmente invariable: tres franjas de color azul, blanco y azul. En 1823, Honduras utilizaba la bandera de las Provincias Unidas de América Central. La bandera de Honduras en 1839 consistía en una tricolor sin signos y símbolos adicionales. El color azul oscuro de aquella época era diferente del azul moderno.

En 1866 se cambió el diseño. Esta bandera era muy similar a la moderna, excepto por la disposición de las estrellas - en el 66 estaban más juntas. También existía una versión alternativa de la bandera en la que las cinco estrellas estaban dispuestas en semicírculo. Estas dos versiones existieron hasta 1898, tras lo cual se introdujo una nueva bandera, con estrellas amarillas en lugar de azules.

Esta bandera se utilizó hasta 1949, cuando se adoptó el diseño actual. El primer uso de la bandera moderna se remonta a 1866, pero la disposición de las estrellas era diferente entonces, por lo que sería más lógico dar la primacía a la bandera de 1949, ya que sólo difiere de la moderna en el tono de azul, que se cambió en 2022, y esta bandera se utilizó más tiempo que las demás: 74 años.