Timor Oriental no tuvo su propia bandera nacional hasta que se incorporó al Imperio portugués. En 1702 se utilizó por primera vez una bandera similar a la actual. En 1965 se propuso adoptar una versión modificada de la bandera portuguesa como símbolo de Timor Oriental, pero Portugal no la aceptó. Aunque el país declaró su independencia en 1975, su bandera ondeó poco tiempo, ya que las tropas indonesias invadieron el país.

De 1976 a 1999, cuando Timor Oriental formó parte de Indonesia, se utilizó la bandera roja y blanca de Indonesia. Durante el congreso constituyente de 1998, se propuso una nueva bandera de resistencia contra la ocupación indonesia: el CNRT (Consejo Nacional de Resistencia de Timor Oriental), tras lo cual la bandera de las Naciones Unidas ondeó sobre el país. Esta bandera se convirtió en un símbolo temporal del país, y en 2002 se decidió volver a la bandera utilizada en 1975. El 19 de mayo de 2002, la bandera de la ONU fue sustituida por la bandera de Timor Oriental.