La bandera del Imperio Otomano, un campo rojo con una hoz y una estrella blancas (la actual bandera de Turquía), siguió siendo la bandera de Siria desde 1844 hasta que las últimas tropas otomanas abandonaron Damasco el 30 de septiembre de 1918.
La bandera faisalí es la bandera de la Gran Revuelta Árabe (1916-1918). Fue adoptada como bandera oficial de Siria por la familia real hachemí. Se hizo oficial el 30 de septiembre de 1918 y permaneció así hasta el 8 de marzo de 1920, cuando Faisal I se convirtió en rey de Siria y se proclamó oficialmente la independencia del país del Imperio Otomano.
La segunda bandera de Faisal siguió siendo oficial desde el 8 de marzo de 1920 hasta que el gobierno del rey Faisal fue derrocado el 24 de julio de 1920 y sustituido por el régimen del Mandato francés. Posteriormente, fue adoptada como bandera oficial de Jordania con un cambio de colores.
La bandera del Reino de la República Árabe Siria dejó de existir cuando la vanguardia de las tropas de Gouraud entró en el país el 24 de julio de 1920, tras la victoria de éste en la batalla de Maysalun. La bandera fue abolida y se proclamó una nueva, de color azul, con una media luna blanca en el centro y una bandera francesa en miniatura en la esquina superior. Después de que los franceses entraran en el país, emitieron una serie de decretos que más tarde se conocieron como decretos de partición. Estos decretos fueron emitidos por el comandante de los ejércitos franceses en Oriente, Henri Gouraud, entre agosto de 1920 y marzo de 1921, ordenando la división del país bajo el pretexto de la falta de armonía entre los pueblos.

La bandera siria más longeva fue la adoptada el 1 de enero de 1932, antes de la unión de Siria con Egipto en 1958. Cuando se produjo la separación, esta bandera volvió oficialmente por un breve periodo de tiempo hasta la llegada al poder del partido Baaz el 8 de marzo de 1963, con una antigüedad oficial de 27 años. Esta bandera recibió el nombre de «Bandera de la Independencia», ya que simbolizaba la liberación de Siria del mandato francés el 17 de abril de 1946. La bandera tenía el siguiente aspecto: su longitud duplicaba su anchura y estaba dividida en tres franjas paralelas iguales de color verde, blanco y negro, y la parte blanca contenía tres estrellas rojas de cinco puntas.

La bandera de la independencia fue sustituida en abril de 1958, además de las leyes que establecían el diseño de la bandera siria en ese momento, con el fin de crear una mayor identidad árabe. La nueva bandera adoptó los colores rojo, blanco y negro de los colores de la unidad árabe, y el color de las estrellas de la bandera se cambió de rojo a verde en honor a la unidad sirio-egipcia, ya que las dos estrellas simbolizan tanto a Siria como a Egipto.
En 1963, los gobiernos baasistas de Siria e Irak intentaron crear una alianza entre Siria, Egipto e Irak, pero estos intentos fracasaron. Sin embargo, tanto Siria como Irak adoptaron una nueva bandera para simbolizar la unidad. Esta bandera es idéntica a la de la República Árabe Unida, salvo por el cambio del número de estrellas de dos a tres. Las tres estrellas simbolizan la unidad de Egipto, Siria e Irak, así como los objetivos del Partido Baaz Árabe Socialista: unidad, libertad y socialismo. En 1972, Siria se unió a la Unión de Repúblicas Árabes junto con Egipto y Libia, y adoptó una nueva bandera que sustituía las estrellas por un águila, que simboliza la tribu del profeta Mahoma, los quraishíes. La unión se disolvió en 1977, y Siria siguió utilizando la bandera de la unión hasta 1980, cuando fue abolida y sustituida por la anterior bandera de dos estrellas, que se había utilizado anteriormente entre 1958 y 1961 para demostrar su compromiso con la unidad árabe.
En noviembre y diciembre de 2024, la República Árabe Siria vivió una transformación política dramática que llevó directamente al cambio de la bandera nacional. El 27 de noviembre de 2024, una coalición de fuerzas opositoras liderada por Hayat Tahrir al-Sham (HTS) lanzó un rápido ataque contra el régimen de Bashar al-Assad, que duró solo 11 días y terminó con la toma de ciudades clave, incluida Damasco, el 8 de diciembre. Ese mismo día, el ejército sirio reconoció el derrocamiento del presidente, y Assad y su familia huyeron a Moscú, donde recibieron asilo político de Rusia. Este acontecimiento puso fin a 53 años de gobierno de la familia Assad y a casi seis décadas de dominio baazista, acompañadas de una guerra civil desde 2011. Inmediatamente después, la bandera de la oposición —un tricolor verde, blanco y negro con tres estrellas rojas— fue izada sobre las instituciones estatales en Siria y las embajadas en el extranjero (en particular, en Moscú, Atenas y Madrid), donde miles de sirios celebraron el fin de la dictadura quemando o pisoteando la anterior versión baazista. Esta bandera se convirtió en símbolo nacional de facto ya en diciembre de 2024, y fue aprobada oficialmente en marzo de 2025.

El retorno a las «banderas de la independencia» (diseño de 1932-1958) tenía un profundo significado simbólico y político: representaba la ruptura con el régimen de Assad, cuyos atributos se asociaban con la represión, la alianza con Egipto y el baasismo panárabe. La oposición eligió esta opción ya en 2011 como emblema de la revolución para subrayar el anhelo de libertad, democracia y unidad de la nación, en contraposición a la propaganda del régimen, que lo acusaba de colonialismo. Las tres estrellas rojas sobre una franja blanca representan la unidad histórica de las tres regiones clave de Siria —Alepo, Damasco y Deir ez-Zor— o las tres revueltas anticolonialistas contra el mandato francés (Ibrahim Hananu en el norte, Sultan al-Atrash en las montañas de Druze y Salih al-Ali en la región de Alawite). Los colores hacen referencia a la historia islámica: el verde al califato de Rashidun (esperanza y fertilidad), el blanco a los omeyas (paz y pureza) y el negro a los abasíes (lucha contra la opresión). De este modo, la nueva simbología subraya el retorno a las raíces de la independencia siria de Francia en 1946, prometiendo un «nuevo comienzo» tras décadas de autoritarismo.