En el siglo XIII, Egipto estaba gobernado por el sultanato mameluco, un estado creado por guerreros esclavos que se convirtieron en la élite. Los mamelucos no tenían una única bandera oficial en el sentido moderno, sino que utilizaban estandartes que reflejaban su poder y su conexión con el Islam. La más común era una bandera amarilla con una media luna blanca, a veces con inscripciones árabes o motivos geométricos. El amarillo simbolizaba el poder y la riqueza, y la media luna, el Islam y la fe. Estas banderas ondeaban sobre El Cairo y los campos de batalla donde los mamelucos luchaban contra los cruzados y los mongoles.

En 1517, el Imperio Otomano derrotó al sultanato mameluco y Egipto se convirtió en su provincia. Las banderas del Imperio Otomano en Egipto eran predominantemente rojas con una media luna blanca y una estrella (similar a la bandera moderna de Turquía). Este diseño reflejaba la tradición otomana: el color rojo representaba el poder del sultán, y la media luna y la estrella, el Islam y la unidad del imperio. Para los egipcios, esta bandera era un signo de poder ajeno, pero también de protección. Los sultanes otomanos controlaban La Meca y Medina, lo que añadía un significado religioso a la bandera. Sin embargo, la población local soñaba con su propia bandera, que hablara de Egipto y no de la lejana Estambul.
En 1805, Muhammad Ali, un oficial albanés del ejército otomano, se hizo con el poder en Egipto, derrotando a los mamelucos y a los rivales otomanos. Fundó una dinastía que gobernó el país hasta 1953 e introdujo una nueva bandera, que fue el primer paso hacia la identidad egipcia. La bandera era roja con una media luna blanca y una estrella blanca en el centro. Este diseño era muy similar al de la bandera del Imperio Otomano, ya que Egipto seguía siendo una provincia del Imperio Otomano. El color rojo simbolizaba la fuerza y la lucha, la media luna, el Islam y el poder, y la estrella, la esperanza de un gran futuro.
En 1867, el sultán otomano reconoció oficialmente el título de jedive a Ismail Pasha, nieto de Muhammad Ali, lo que marcó el inicio del jedive egipcio, un periodo de floreciente autonomía dentro del imperio. La nueva bandera conserva el fondo rojo y una media luna blanca, pero en lugar de una estrella tiene tres estrellas blancas de cinco puntas dispuestas en triángulo. Ismail Pachá, al que llamaban «Ismail el Magnífico», convirtió El Cairo en el «París del Nilo», construyó el canal de Suez (1869) y extendió su influencia a África Oriental. La bandera ondeó sobre estos logros, pero tras la ocupación británica de 1882, provocada por el levantamiento de Urabi Pachá, la Union Jack apareció a menudo junto a ella.

En 1914, cuando el Imperio Otomano entró en la Primera Guerra Mundial, Gran Bretaña declaró Egipto su protectorado, aboliendo la soberanía otomana. El jedive se transformó en el sultanato egipcio, y el jedive Abbas II fue sustituido por el sultán Hussein Kamel. La nueva bandera conservó el fondo rojo, pero recibió tres medias lunas blancas y tres estrellas blancas de cinco puntas. Las tres medias lunas simbolizaban Egipto, Sudán y Nubia, los territorios bajo control del sultán. Las estrellas representaban la esperanza de independencia y unidad de las tres religiones: musulmanes, cristianos y judíos. Esta bandera era un compromiso: los británicos permitían conservar el color local, pero mantenían Egipto bajo control.
En 1922, el Reino Unido reconoció la independencia de Egipto, y el rey Fuad I aprobó una nueva bandera: verde con una media luna blanca y tres estrellas blancas. El color verde, como las orillas del Nilo, simbolizaba la fertilidad y el Islam, mientras que las tres estrellas representaban Egipto, Nubia y Sudán, o tres comunidades religiosas: musulmanes, cristianos y judíos. La media luna seguía siendo un signo de fe y herencia. Esta bandera ondeaba sobre un país que intentaba ser verdaderamente libre, aunque las tropas británicas permanecían en el Canal de Suez. Era un símbolo de esperanza, pero también un recordatorio de que el camino hacia la plena independencia aún estaba por recorrer.

El 23 de julio de 1952, el movimiento de los Oficiales Libres, dirigido por Gamal Abdel Nasser, dio un golpe de estado y derrocó al rey Faruk I. La revolución puso fin a la monarquía y Egipto se convirtió en una república el 18 de junio de 1953. La revolución puso fin a la monarquía y Egipto se convirtió en república el 18 de junio de 1953. El periodo estuvo marcado por la lucha contra la influencia británica, la nacionalización del Canal de Suez en 1956 y el inicio del nacionalismo árabe. La nueva bandera, conocida como la Bandera de la Liberación Árabe, constaba de tres franjas horizontales -roja, blanca y negra- con el águila dorada de Saladino en el centro de la franja blanca. El color rojo representaba la sangre derramada en la lucha contra los británicos, el blanco la pureza de los corazones y el carácter pacífico de la revolución, y el negro los tiempos oscuros de la opresión colonial. El águila de Saladino, sosteniendo un escudo con el nombre del país, simbolizaba la fuerza, el orgullo y la herencia de Saladino, que resistió a los invasores extranjeros.
El 1 de febrero de 1958, Egipto y Siria se unieron para formar la República Árabe Unida (RAU), proclamando una unión política que sería el primer paso hacia una unidad árabe más amplia. Este periodo, dirigido por el Presidente Gamal Abdel Nasser, estuvo marcado por las ideas panárabes, la nacionalización del Canal de Suez y los intentos de resistir a la influencia occidental. La unión se desmoronó el 28 de septiembre de 1961 tras un golpe militar en Siria, pero Egipto conservó el nombre de la UAR y sus símbolos hasta el 1 de enero de 1972. En 1963 también se celebraron negociaciones sobre la posible adhesión de Irak, pero no prosperaron. La bandera de la KSA, aprobada oficialmente el 8 de abril de 1958 por la Ley nº 12, constaba de tres franjas horizontales: roja en la parte superior, blanca en el centro y negra en la parte inferior. En el centro de la franja blanca había dos estrellas verdes de cinco puntas. Por cierto, la bandera de la UAR es idéntica a la bandera moderna de Siria. Estos colores procedían de la Bandera de Liberación Árabe, introducida tras la revolución de 1952. Las dos estrellas verdes representaban a Egipto y Siria, subrayando su unidad en la lucha por un objetivo común.

El 1 de enero de 1972, Egipto, Siria y Libia crearon la Federación de Repúblicas Árabes (FAR) en un esfuerzo por profundizar en la cooperación árabe tras el fracaso de la OUA. Esta federación, iniciada por el líder libio Muammar Gaddafi y apoyada por Egipto y Siria, fue un intento de aunar los esfuerzos de los tres países, pero siguió siendo más simbólica que práctica. En 1973, Egipto y Libia intentaron crear una alianza más estrecha dentro de una federación, pero los planes fracasaron. En 1976, Egipto y Siria también planearon profundizar en la cooperación, y en 1977, Sudán expresó su interés en unirse, pero estas iniciativas no se materializaron. La federación se disolvió oficialmente el 19 de noviembre de 1977, cuando Libia se retiró tras los conflictos con Egipto, pero este país siguió utilizando la bandera hasta 1984. La bandera del FJP conservó la tricolor roja, blanca y negra, pero en lugar de estrellas apareció un halcón dorado de Quraysh, también conocido como águila de Saladino, en el centro de la franja blanca. Egipto añadió la inscripción «República Árabe de Egipto» en árabe bajo el halcón, que distinguía su versión de las sirias y libias. La bandera se utilizó hasta el 4 de octubre de 1984, cuando Egipto adoptó la versión moderna.