La bandera de Afganistán ha sufrido muchos cambios a lo largo del tiempo. En el siglo XIX, se utilizaba como bandera de Afganistán una bandera de color negro sólido. A principios del siglo XX, se añadió a la bandera el emblema nacional.

La bandera negra, tomada de la bandera de Abu Muslim durante el levantamiento de Khorasani, se utilizó como color de fondo de la bandera afgana hasta 1928. Desde 1928, al mismo tiempo que comenzaba a existir el Reino de Afganistán, la bandera tricolor de Afganistán, negra, roja y verde, con el emblema nacional sobre ella, fue aprobada por el rey Amanullah Khan. El escudo de armas representa un sol dorado que se eleva entre montañas nevadas, marcando el comienzo del reino afgano. El símbolo de un sol amarillo sobre fondo rojo puede verse ahora en la actual bandera de Macedonia del Norte. Esta bandera tricolor de Afganistán sólo se utilizó durante dos años, entre 1928 y 1929.
Después, también durante dos años, de 1978 a 1980, cuando la República Democrática de Afganistán llegó al poder, se utilizó la bandera roja de Afganistán con un símbolo amarillo en la esquina superior izquierda de la bandera. En la bandera estaba escrita la palabra «Khalk», que era el símbolo del Partido Democrático Popular de Afganistán y significaba «Pueblo».
En 1996, cuando el gobierno talibán llegó al poder en Afganistán, el país pasó a llamarse Emirato Islámico de Afganistán, y la bandera de Afganistán se cambió a blanca, a la que más tarde se añadió la inscripción La ilaha ila Allah Muhammad Rasulullah, en referencia al principal principio de la fe islámica: «No hay más Dios que Alá».
En 2004 se aprobó la bandera negra, roja y verde de Afganistán. Esta bandera se sigue utilizando internacionalmente, lo que demuestra su reconocimiento como República Islámica, a pesar del gobierno talibán desde 2021 y del uso de la bandera talibán en Afganistán, que tuvo estatus de bandera nacional de 1996 a 2001.