Período precolonial. Desde el siglo IX, en el territorio del actual Chad existieron grandes imperios musulmanes: Kanem, más tarde Kanem-Bornu, así como los sultanatos de Bagirmi y Wadai. Estos estados usaban sus propias banderas y estandartes, en su mayoría verdes, blancos y negros con caligrafía árabe, típicos de los sultanatos islámicos de la región del Sahel. La bandera moderna del Chad no ha heredado ningún elemento visual de estas banderas históricas.
Era colonial (1900–1958). Los franceses comenzaron a penetrar en la región en la década de 1890. En 1900, tras la batalla de Kousséri, en la que las tropas francesas derrotaron al ejército del traficante de esclavos Rabih az-Zubayr, el territorio quedó bajo control militar francés. En 1920, el Chad se convirtió oficialmente en una colonia como parte del África Ecuatorial Francesa. Durante todo el período colonial, solo se utilizó la tricolor francesa en el territorio: la colonia no tenía una bandera separada.
Un capítulo aparte es la Segunda Guerra Mundial. En agosto de 1940, el Chad, bajo el gobernador Félix Éboué (el primer gobernador negro de una colonia francesa), se convirtió en el primer territorio en unirse a la "Francia Libre" de Charles de Gaulle. Fue desde el Chad que la columna del coronel Leclerc partió en su histórica incursión a través del Sáhara hasta Libia. Esta era fortaleció los lazos franco-chadianos que más tarde se reflejaron en la elección de los colores de la bandera nacional.
Autonomía y nacimiento de la bandera (1958–1959). El 28 de noviembre de 1958, el Chad recibió el estatus de república autónoma dentro de la Comunidad Francesa. Surgió la cuestión de su propia bandera. La primera versión, propuesta en 1958, repetía la paleta panafricana de Ghana —verde, amarillo y rojo— con una disposición vertical de las franjas. Sin embargo, resultó que este diseño era casi idéntico a la bandera recién adoptada de Malí (entonces la República Sudanesa).
Por lo tanto, en 1959, la Asamblea Constituyente Provisional del Chad, bajo el liderazgo del primer Primer Ministro François Tombalbaye, tomó una decisión de compromiso: reemplazar el verde por el azul (índigo). Así surgió una combinación única —azul-amarillo-rojo— que rendía homenaje simultáneamente a la tradición metropolitana francesa (azul y rojo de la tricolor) y al movimiento panafricano (amarillo y rojo). La bandera fue aprobada oficialmente el 6 de noviembre de 1959.

Independencia y uso posterior (1960 – presente). El 11 de agosto de 1960, el Chad proclamó su independencia, y la bandera de 1959 se convirtió automáticamente en el símbolo estatal de la nueva república. A diferencia de muchos países africanos que cambiaron repetidamente sus banderas después de la independencia debido a golpes de Estado, revoluciones o cambios ideológicos, el Chad ha mantenido su bandera sin cambios durante más de 65 años, a pesar de las guerras civiles de 1965–1979 y 2005–2010, numerosos golpes de Estado y cambios de régimen.
El incidente diplomático de 2004. Hasta 1989, la bandera rumana tenía un escudo de armas estatal en el centro de la franja amarilla, lo que la distinguía claramente de la chadiana. Después de la Revolución Rumana de 1989, se eliminó el escudo de armas y las dos banderas se volvieron prácticamente idénticas. En abril de 2004, cuando Rumanía se preparaba para unirse a la OTAN, el presidente del Chad, Idriss Déby, apeló a la ONU para que considerara la situación. Bucarest respondió que la tricolor rumana tiene una historia que se remonta a 1848 y que no habría renuncia a ella. La cuestión se silenció discretamente y ambos países continúan usando banderas casi idénticas, un caso raro en la práctica internacional.
La actualidad. La bandera del Chad sigue siendo uno de los símbolos más estables del país. Se utiliza en todos los edificios gubernamentales, en las embajadas, en los uniformes militares y en los eventos deportivos nacionales. A pesar de la turbulencia política de las últimas décadas, incluida la muerte del presidente Idriss Déby en 2021 y la transferencia del poder a su hijo Mahamat, el diseño de la bandera nunca ha sido cuestionado.