Los primeros europeos que visitaron Tonga fueron los navegantes holandeses Jacob Lemaire y Willem Schouten en 1616, durante su travesía por el océano Pacífico. Más tarde, en 1643, la isla fue visitada por otro explorador holandés, Abel Tasman, que realizó los primeros registros oficiales de la región, aunque el contacto entre europeos y lugareños era limitado en aquella época. En 1773, el explorador británico James Cook visitó Tonga durante su segunda expedición al Pacífico, y de nuevo en 1774 y 1777. Llamó al archipiélago «Islas de la Amistad» por la calurosa acogida que le dispensaron los lugareños. Gracias a exploradores europeos como Lemaire, Schouten, Tasman y Cook, Tonga se dio a conocer fuera de Oceanía, lo que contribuyó posteriormente al establecimiento de estrechos contactos con el mundo occidental y a la aparición de los primeros símbolos estatales.

Se considera que el primer rey de la Tonga moderna fue Tāufaʻahau I, bautizado como Siaosi en honor del rey Jorge III de Gran Bretaña. Jorge Tupou I quiso crear una bandera como símbolo de la unidad de su reino. La pieza central de la bandera son las letras «M» (azul) y «A» (roja), que se cree que simbolizan al rey Jorge Tupou I (su nombre popular es «Siaosi Taufaʻahau»). A la izquierda de las letras hay dos cruces azules, y a la derecha dos cruces rojas, que simbolizan el cristianismo y el sacrificio, la lucha por la fe y la realeza, respectivamente. La bandera era un símbolo del reinado del rey Tupou I en la isla principal de Tonga, Tongatapu, durante el periodo en que intentó unificar el país bajo una única administración, pero en 1862 fue sustituida.

Entre 1862 y 1866, Tonga utilizó su primera bandera nacional oficial, aprobada por el rey George Tupou I. La bandera consistía en una cruz roja sobre fondo blanco, donde la cruz simbolizaba a Jesucristo, el color rojo de su sangre, y el color blanco de la pureza y la paz. Sin embargo, unos años más tarde, en 1866, se cambió la bandera, ya que Jorge Tupou I siguió adaptando los símbolos del Estado para satisfacer las nuevas necesidades y expectativas. Esto se debió a la consolidación del cristianismo en el país, el fortalecimiento de las relaciones internacionales y nuevas reformas.
La bandera moderna de Tonga se adoptó oficialmente el 4 de noviembre de 1875 y consiste en un paño rojo con un cuadrado blanco en la esquina superior izquierda (cantón), que representa una cruz roja. Es importante señalar que, en 1875, esta bandera quedó consagrada en la Constitución y, según las leyes de Tonga, no puede cambiarse. Tonga es uno de los pocos países del mundo donde la bandera nacional ha permanecido inalterada durante más de un siglo.