Hasta 1898, Guam estuvo bajo el control de España, por lo que la bandera oficial de la isla era española. España visitó Guam en 1565 durante las expediciones del general Miguel López de Legazpi, pero tomó oficialmente el control de la isla en 1668. Tras la guerra hispano-estadounidense, cuando Estados Unidos se hizo con el control de la isla, la bandera estadounidense ondeó sobre Guam. Se sabe que en el periodo de 1896 a 1908, la bandera estadounidense constaba de 45 estados, es decir, se colocaron 45 estrellas en la bandera, por lo que esta versión de la bandera se utilizó en Guam en aquella época.

En 1917 surgió la idea de crear una bandera propia para la isla, y hay varias versiones de cómo ocurrió. Según una de ellas, el autor fue un artista local, Francisco Feja, que en la década de 1910 creó una serie de dibujos que reflejaban la vida y la naturaleza de Guam. Entre ellos había una imagen de un barco (proa) en una playa con una palmera, que se convirtió en la base del escudo y la bandera de Guam. Según otra versión, la bandera fue diseñada por Helen Paul, esposa del comodoro Carrol E. Paul, que hizo varios bocetos de paisajes de Guam, entre ellos una palmera y un barco en el mar. Independientemente de sus orígenes exactos, el diseño de la bandera fue aprobado por el Gobernador Militar Roy Smith en 1917, y se izó por primera vez el 4 de julio de 1918, durante una ceremonia en Hagåtña. En la década de 1930, la bandera fue adoptada oficialmente por la administración de Guam.

Durante la Segunda Guerra Mundial, Guam estuvo ocupada por tropas japonesas de 1941 a 1944. Durante este periodo, se prohibieron los símbolos estadounidenses, incluida la bandera, y en su lugar se utilizó la bandera de Japón. Sin embargo, en 1944, la isla fue liberada por las tropas estadounidenses y se restableció la bandera de Guam. En 1948 se introdujeron cambios importantes en el diseño de la bandera: se añadió un borde rojo alrededor del perímetro. Este cambio simbolizaba la sangre derramada durante la guerra y enfatizaba la lucha de la isla por la libertad. También se aclararon los detalles de los colores del escudo y las proporciones de la bandera. Desde entonces, la bandera no ha cambiado y sigue utilizándose como uno de los principales símbolos de Guam.