En 1857, Estados Unidos se anexionó la isla de Navassa en virtud de la Ley del Guano, que permitía a los ciudadanos estadounidenses ocupar islas deshabitadas ricas en guano, que se utilizaba como valioso fertilizante. A partir de entonces, la isla pasó a ser administrada por Estados Unidos y, en consecuencia, se utilizó en ella la bandera oficial estadounidense. Sin embargo, Haití también reclama la isla basándose en reivindicaciones históricas, pero esta disputa no ha llevado a la creación de una bandera propia para Navassa.
En la actualidad, la isla de Navassa forma parte del Refugio Nacional de Vida Silvestre de EE UU y está gestionada por el Servicio de Pesca y Vida Silvestre de EE UU. En este sentido, la isla utiliza la bandera oficial de Estados Unidos y la bandera de este servicio, que representa la gestión y protección de los recursos naturales. Esta situación pone de relieve las peculiaridades de la gestión política y administrativa de la isla, así como su importancia como reserva natural.