San Bartolomé fue descubierta por Cristóbal Colón durante su segundo viaje al Nuevo Mundo en 1493. Colón bautizó la isla en honor de su hermano Bartolomé. Sin embargo, la isla permaneció deshabitada durante siglos tras su descubrimiento.
En 1648, colonos franceses procedentes de la isla de San Cristóbal se establecieron en San Bartolomé, pero la isla no tenía gran importancia económica y era objeto de numerosos ataques piratas. En 1651, la isla pasó a manos de la Orden de Malta, pero en 1674 volvió a ser colonia francesa.
En 1784, Francia vendió San Bartolomé a Suecia, que contribuyó notablemente al desarrollo de la isla, incluida la construcción de la capital, Gustavia, que lleva el nombre del rey Gustavo III, y el establecimiento de la libertad económica, lo que contribuyó al crecimiento del comercio. En 1878, San Bartolomé volvió a formar parte de Francia. Desde entonces, ha seguido siendo colonia francesa y posteriormente recibió el estatus de territorio de ultramar.
Así, en la isla se han utilizado las siguientes banderas:
- Periodo francés (hasta 1784): La isla utilizó la bandera francesa.
- Dominio sueco (1784-1878): Durante el dominio sueco, se utilizó la bandera sueca.
- Retorno a Francia (desde 1878): Tras su regreso a Francia, la isla volvió a utilizar la bandera tricolor francesa, que sigue siendo oficial hasta hoy.