La necesidad de una bandera como símbolo de identidad nacional surgió en una reunión llamada "Reunión de Navidad". Se celebró en 1888 para debatir la protección de la cultura y la lengua feroesas. Durante muchos años, las banderas utilizaron la urraca de costa ("Tjaldursmerkið") y el carnero ("Veðramerkið") como símbolo nacional, pero esto estaba a punto de cambiar.
En 1919, tres estudiantes feroeses de Copenhague, Jens Oliver Lisberg, Janus Ossursson y Thomas Pauli Dahl, crearon la bandera de las Islas Feroe. Decidieron diseñar una bandera al estilo de otras banderas escandinavas en forma de cruz, tomando como base las banderas de Noruega e Islandia, que consideraban sus vecinos más cercanos. También eligieron el blanco como color base para diferenciarse del resto, ya que la bandera noruega tiene un paño rojo y la islandesa, azul. En cuanto al diseño de la cruz, Jens Oliver Lisberg defendió que fuera roja con un contorno azul. La bandera de las Islas Feroe, también conocida como Merkir, se izó por primera vez en el pueblo de Famjón el 22 de junio de 1919, y el original se encuentra en la iglesia de Famjón. Más tarde, Jens Oliver murió de neumonía y las autoridades danesas rechazaron este símbolo de independencia, pero los feroeses siguieron utilizando la bandera estudiantil "Merkið". Se hizo popular para su uso en barcos en alta mar. Sin embargo, las autoridades danesas no la reconocieron como bandera nacional. Esto provocó conflictos entre feroeses y daneses, ya que los primeros querían que la bandera fuera reconocida oficialmente.
En 1930, la bandera empezó a utilizarse en ceremonias oficiales, y en 1931 pasó a ser de uso común, aunque no oficial. Esto aumentó las tensiones entre las autoridades danesas y el pueblo feroés. En 1931, finalmente se propuso aprobar el Merkir como bandera de las Islas Feroe, pero sin una mayoría de votos. El reconocimiento definitivo del Merkir como bandera de las Islas Feroe no tuvo lugar hasta abril de 1940, cuando las Islas Feroe quedaron bajo el control de las tropas británicas debido a la ruptura de los lazos con Dinamarca y a la ocupación de Dinamarca por Alemania. El 25 de abril de 1940, Gran Bretaña declaró el Merkir bandera oficial de las Islas Feroe.
La Ley de Autonomía del 23 de marzo de 1948 reconoció la bandera Merkið como bandera oficial de las Islas Feroe.
Sin embargo, en 1959, las Islas Feroe se alejaron de sus vecinos del norte, cambiando el color azul oscuro "noruego" por un azul independiente.