Tras conquistar los territorios hacia 1510, los uzbekos controlaron las zonas situadas al sureste del mar de Aral. Durante mucho tiempo (de 1511 a 1740), utilizaron una bandera con fondo blanco y una media luna azul en la esquina superior izquierda.
En 1785 se creó el emirato de Bujará, que se convirtió en el segundo Estado de las estepas situadas al norte y al este del actual Uzbekistán. El territorio del emirato incluía varias regiones del actual Uzbekistán, Tayikistán y Turkmenistán. Tenía su propia bandera con fondo verde rodeado de un borde dorado y negro. Sobre el fondo verde había una mano, una media luna, una estrella e inscripciones. En 1917, la bandera del Emirato de Bujará fue sustituida por una bandera negra con un contorno verde y una media luna y una estrella doradas. En 1917 se formó la Autonomía del Turquestán, que tenía su propia bandera: roja y azul con una media luna blanca y una estrella de cinco puntas.

En septiembre de 1920, Bujará fue capturada y se convirtió en la República Soviética Popular de Bujará, con su propia bandera, formada por franjas verdes y rojas, una media luna y una estrella doradas, y una hoz y un martillo cruzados dentro de la estrella.
La República Socialista Soviética Autónoma de Turkestán se convirtió en la primera república autónoma soviética. La bandera de esta república consistía en un campo rojo con texto amarillo en la esquina superior izquierda. En 1921, la bandera se modificó añadiendo un borde blanco alrededor del texto.

En 1922 Uzbekistán se convirtió en una república de la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas, y en 1925 los territorios unidos se convirtieron en la República Socialista Soviética Autónoma de Karakalpak y adoptaron una nueva bandera. Entre 1952 y 1991, la bandera de la RSS uzbeka pasó a ser roja con una franja azul en el centro, enmarcada por dos finas franjas blancas, y una hoz y un martillo y una estrella de cinco puntas en la esquina superior izquierda.

Tras el colapso de la Unión Soviética en 1991, Uzbekistán y Karakalpakstán se convirtieron en países independientes con nuevas banderas. La bandera de Karakalpakstán consistía en un tricolor horizontal -azul, dorado y verde- con dos franjas rojas en el centro y una media luna blanca con cinco estrellas blancas en el ángulo superior izquierdo. Uzbekistán adoptó una nueva bandera en 1991: azul, blanca y verde, con franjas rojas a ambos lados de la blanca y una media luna con 12 estrellas en el ángulo superior izquierdo. Ambas banderas siguen en uso hoy en día.