En 1888, la Compañía Imperial Británica de África Oriental (IBEAC) obtuvo una carta real para gestionar y proteger los intereses comerciales británicos en África Oriental, incluida la futura Uganda. La compañía consolidó su control en 1891 mediante la firma de un tratado con el poderoso reino de Buganda. Sin embargo, debido a guerras religiosas y dificultades financieras, el IBEAC perdió su posición, cediendo sus derechos administrativos al gobierno británico en 1893.
Aunque el IBEAC desempeñó un papel crucial en el establecimiento de la presencia británica, los materiales de investigación no proporcionan una descripción detallada de la bandera específica de la empresa ni de su simbolismo, aparte de mencionar que «las banderas coloniales y las banderas que exhibían la insignia del IBEAC se cambiaron para reflejar la nueva insignia de Kenia».
En 1894, el Reino de Buganda fue declarado oficialmente Protectorado Británico, abarcando las tierras que conforman la actual Uganda. Esto marcó la transición de la administración comercial al control directo del gobierno británico. Fue fundamental el Acuerdo de Buganda de 1900, que reconocía al Kabaka (rey) de Buganda como gobernante del reino, sujeto a su lealtad al monarca británico, y otorgaba reconocimiento estatutario al Lukiko (Consejo de Jefes), al tiempo que integraba a Buganda como provincia en el sistema administrativo y fiscal más amplio del protectorado. La administración británica extendió gradualmente su control a otros reinos como Bunyoro, Toro y Ankole hacia 1896 mediante la firma de tratados, aunque las zonas septentrionales y orientales sin una autoridad centralizada fueron administradas directamente. Hasta 1914, la Union Jack, bandera nacional del Reino Unido, fue la única bandera oficial utilizada para representar la autoridad británica en el Protectorado de Uganda.

En 1914, se adoptó oficialmente una bandera distintiva para el Protectorado de Uganda, en sustitución del uso exclusivo de la Union Jack. Esta bandera era la British Blue Ensign, un diseño común para las colonias y territorios británicos. Tenía una Union Jack en el cantón (parte superior izquierda cerca del asta) y una insignia en el paño (la parte exterior de la bandera). La insignia de la bandera era una grulla gris coronada. Esta bandera se utilizó hasta marzo de 1962, poco antes de la independencia de Uganda.
La grulla coronada gris, un ave de gran tamaño originaria de Uganda y sus alrededores, fue elegida como símbolo oficial del territorio. Su elección fue deliberada: El Imperio Británico eligió este nuevo símbolo neutral para evitar cualquier atisbo de favoritismo hacia alguno de los muchos y poderosos reinos tradicionales (como Buganda, que tenía su propia bandera) que componían la nueva colonia. Esta elección pragmática pretendía mantener la estabilidad y evitar rivalidades étnicas que habrían complicado la administración colonial.
La grulla era famosa por su carácter apacible, y su gracia interesaba especialmente a los funcionarios británicos. Sir Frederick Jackson, ornitólogo y gobernador del Protectorado de Uganda, presionó con éxito al rey Jorge V para que hiciera de la grulla coronada el símbolo oficial del territorio. Además, la grulla coronada gris tenía una conexión histórica, ya que servía de insignia militar para los soldados ugandeses durante el dominio británico. A día de hoy, la grulla coronada sigue siendo el símbolo oficial de Uganda y es venerada por su pueblo.
A medida que Uganda se acercaba a la independencia, surgió la necesidad urgente de una bandera nacional que representara a los diversos pueblos y culturas del país. Tras las elecciones del 1 de marzo de 1961, el Partido Democrático (PD), liderado por Benedict Kiwanuka, formó gobierno y se convirtió en el primer partido político en gobernar el país internamente. Este gobierno inició el proceso de diseño de la insignia nacional, incluida la bandera.
El Comité de la Bandera Nacional, presidido por Sentiza Kajubi, propuso inicialmente una bandera con los colores verde, azul y dorado, acordada por unanimidad para reflejar aspectos del país y no de los partidos políticos. Por ejemplo, el Comité de Propósitos Generales del Consejo del Distrito de Teso propuso el azul para representar la abundancia de agua de Uganda y el verde por su vegetación, con una grulla coronada sobre una montaña en el centro como símbolo de continuidad.

El diseño específico propuesto para la bandera del Partido Democrático presentaba franjas verticales verde-azul-verde separadas por franjas amarillas más estrechas, con la silueta de una grulla amarilla en el centro. Este diseño se utilizó de marzo a octubre de 1962, aunque su estatus oficial es discutido. Sin embargo, algunos consideraron que este diseño era «impopular» y «poco “africano”». Además, el color verde se asociaba con el Partido Democrático, lo que incomodaba a otras facciones políticas.
La situación cambió radicalmente tras las elecciones nacionales del 25 de abril de 1962, cuando el Partido Democrático perdió el poder en favor del Congreso del Pueblo de Uganda (UPC). Milton Obote, líder del UPC, se convirtió en primer ministro y condujo a Uganda a la independencia formal el 9 de octubre de 1962.
El recién elegido gobierno del UPC rechazó el diseño de bandera propuesto por el PD. En su lugar, propusieron el diseño actual, basado directamente en la bandera del propio partido de la UPC, una tricolor con franjas horizontales negras, amarillas y rojas.

La bandera fue diseñada por Grace Ibingira, que fue ministra de Justicia de Uganda. Aunque a C. Todd, profesor de Bellas Artes de la Universidad de Makerere, se le atribuye el diseño del escudo de armas ugandés y otros objetos ceremoniales registrados en la Junta de Armas de Londres, el mérito principal del diseño de la bandera se atribuye sistemáticamente a Grace Ibingira.