El territorio de la actual Tanzania fue el hogar de muchos pueblos antes de la llegada de los colonizadores europeos. La costa ha sido un centro de comercio desde el siglo V a.C., cuando mercaderes de Grecia, Roma, Fenicia, Arabia, Persia y la India intercambiaban mercancías con los lugareños. En 1498, el portugués Vasco da Gama fue el primer europeo en llegar a la costa, abriendo Tanzania a los exploradores europeos. En el siglo XVI, Portugal conquistó Zanzíbar, pero las banderas como símbolos estatales no existían durante este periodo.
En 1885, el territorio pasó a formar parte del África Oriental Alemana. Todo empezó cuando Karl Peters, aventurero y fundador de la Sociedad Alemana de Colonización, firmó acuerdos con los líderes locales, y el 3 de marzo de 1885, Otto von Bismarck anunció la creación del protectorado. Al principio, la Compañía Alemana de África Oriental (DOAG) se encargó del comercio, el cultivo de café y caucho y la construcción de ferrocarriles. Pero la dura explotación provocó resistencia, incluido el levantamiento abushiri de 1888-1889. En 1891, debido a problemas financieros y a la incapacidad de la compañía para reprimir los disturbios, el gobierno alemán tomó el control directo, convirtiendo la región en un protectorado. La colonia desarrolló su economía construyendo puertos y plantaciones, pero la represión de los levantamientos, como el de Maji-Maji de 1905-1907, costó miles de vidas. Durante la Primera Guerra Mundial, en 1916, las tropas británicas ocuparon la mayor parte del territorio, y en 1919, Alemania perdió la colonia en virtud del Tratado de Versalles. De 1885 a 1891, la bandera de la empresa era blanca con una cruz negra que la dividía en cuatro partes. En la esquina superior izquierda había un cuadrado rojo con cinco estrellas blancas dispuestas en forma de Cruz del Sur. El color blanco simbolizaba la pureza de las ambiciones coloniales, la cruz negra, la fuerza alemana, el cuadrado rojo, la valentía, y las estrellas indicaban la ubicación de la colonia en el hemisferio sur.

A partir de 1891, la tricolor imperial se convirtió en la bandera oficial: tres franjas horizontales: negra, blanca y roja. El negro representaba la unidad de Alemania, el blanco la pureza de los ideales imperiales y el rojo la disposición a luchar. Desde 1898, los gobernantes utilizan una tricolor con un escudo de armas en el centro de una franja blanca: un león negro sobre fondo blanco, a veces con una palmera, que simboliza el poder del imperio y la naturaleza africana. Desde 1893, en los edificios oficiales ondea la bandera del Ministerio de Asuntos Exteriores: una tricolor con un disco blanco y un águila imperial en el centro, que significaba el poder del Estado. Estas banderas ondeaban sobre Dar es Salaam, pero para los lugareños eran un signo de dominación extranjera.
Tras la derrota de Alemania en la Primera Guerra Mundial en 1919, la Sociedad de Naciones puso Tanganica bajo mandato británico. Los británicos administraron el territorio hasta el 9 de diciembre de 1961, cuando Tanganica obtuvo la independencia. En los primeros años del mandato, en la década de 1920, se centraron en la construcción de carreteras, ferrocarriles y plantaciones, pero mantuvieron a la población local a la sombra del sistema colonial. En la década de 1930 empezaron a surgir los primeros movimientos políticos, y tras la Segunda Guerra Mundial, en 1946, Tanganica se convirtió en Territorio en Fideicomiso de la ONU, lo que reforzó el deseo de autogobierno. En 1954, Julius Nyerere fundó la Unión Nacional Africana de Tanganica (TANU), que condujo pacíficamente al país hacia la libertad. Las elecciones de 1958-1960 sentaron las bases de la independencia, cuando la TANU obtuvo un apoyo abrumador. La bandera de este periodo era la enseña azul británica o la enseña roja, con la Union Jack en la esquina superior izquierda sobre fondo azul. En el lado derecho, más cerca del borde libre, había un disco blanco con la imagen de una cabeza de jirafa en tonos marrones y amarillos naturales, mientras que en la bandera azul, la cabeza de jirafa estaba colocada sin disco blanco. El color azul representaba el poder naval de Gran Bretaña, la Union Jack su autoridad, y la cabeza de la jirafa simbolizaba la naturaleza única de Tanganica, ya que estos animales son icónicos de la sabana africana, encarnan la gracia y la previsión. La bandera se introdujo oficialmente en 1923 y ondeó sobre edificios gubernamentales, escuelas y puertos de Dar es Salaam hasta la independencia.

Mientras tanto, desde Zanzíbar, en 1698, los árabes omaníes expulsaron a los portugueses, capturaron el fuerte y convirtieron la isla en parte del sultanato omaní. Zanzíbar se convirtió en un centro de comercio de especias, esclavos y marfil, que enlazaba Arabia, India y África oriental. Hasta 1856, la isla prosperó gracias a las rutas marítimas y las plantaciones de clavo. La bandera era un sólido paño rojo, típico de los gobernantes omaníes. El color rojo representaba el poder del sultán, su fuerza militar y su poder comercial, pero no reflejaba la cultura swahili ni la población africana.
En 1856, la muerte del sultán Said bin Sultan dividió su imperio. Zanzíbar se convirtió en un sultanato independiente bajo Majid bin Said, controlando parte de la costa oriental africana. La isla alcanzó su apogeo económico, convirtiéndose en líder mundial de la producción de clavo, y el comercio de esclavos reportó enormes beneficios. La bandera siguió siendo roja, como la de Omán. En 1890, Zanzíbar pasó a estar bajo protectorado británico en virtud del Acuerdo Heligoland-Zanzíbar, perdiendo sus territorios continentales en favor de Alemania. El sultán seguía siendo el gobernante nominal, pero Gran Bretaña controlaba la política exterior y el comercio. En 1896, una guerra de 38 minutos, la más corta de la historia, reprimió el intento de Jalid bin Bargash de hacerse con el trono, consolidando el dominio británico. La bandera del sultanato siguió siendo rojo sólido.

El 9 de diciembre de 1961, Tanganica se independizó de Gran Bretaña, convirtiéndose en pionera en la región. Fue una época de reformas y esperanza, ya que el país, bajo el liderazgo de Julius Nyerere, construyó un nuevo futuro. En 1963, Tanganica se proclamó república, deshaciéndose por fin de la monarquía. La bandera de la Tanganica independiente constaba de cinco franjas horizontales: verde, amarilla, negra, amarilla y verde. El verde representaba la agricultura y la exuberante naturaleza, el negro al pueblo de Tanganica y el amarillo a los ricos recursos minerales, como el oro y los diamantes.
El 10 de diciembre de 1963, Zanzíbar también se independizó de Gran Bretaña como monarquía constitucional bajo el sultán Jamshid bin Abdullah. Pero el 12 de enero de 1964, una revolución liderada por el partido Afro-Shirazi derrocó a la monarquía y proclamó la República Popular de Zanzíbar y Pemba. Durante la monarquía, la bandera pasó a ser roja con un disco verde en el centro, sobre el que había dos claveles dorados. El color rojo preservaba la herencia del sultanato, el disco verde representaba la naturaleza y la agricultura, y los claveles el orgullo económico, ya que Zanzíbar seguía siendo líder en sus exportaciones.

Tras la revolución, de enero a abril de 1964, la bandera cambió a una tricolor horizontal de franjas azules, negras y verdes. El azul simbolizaba el océano Índico, el negro la población africana y el verde la vegetación tropical y la agricultura.
El 26 de abril de 1964, Zanzíbar se unió a Tanganica para formar la República Unida de Tanzania. La unión, dirigida por Julius Nyerere y Abeid Karume, debía unir las fuerzas económicas y políticas. El color azul representaba el poder naval de Gran Bretaña, la Union Jack su autoridad, y la cabeza de la jirafa simbolizaba la naturaleza única de Tanganica, ya que estos animales son icónicos de la sabana africana, encarnan la gracia y la previsión. La bandera se introdujo oficialmente en 1923 y ondeó sobre edificios gubernamentales, escuelas y puertos de Dar es Salaam hasta la independencia. Mientras tanto, desde Zanzíbar, en 1698, los árabes omaníes expulsaron a los portugueses, capturaron el fuerte y convirtieron la isla en parte del sultanato omaní.