Durante las primeras dinastías, entre 788 y 1549, Marruecos fue moldeado por tribus bereberes y gobernantes musulmanes. Los idrisíes, que gobernaron de 788 a 974, utilizaron sencillas banderas blancas para simbolizar la pureza de la fe, la paz y la espiritualidad. Estos estandartes contenían probablemente inscripciones del Corán, como «No hay más dios que Alá», que subrayaban la legitimidad religiosa de la dinastía, que se consideraba descendiente del profeta Mahoma a través de Idris I. Los almorávides, que llegaron al poder en 1040, desarrollaron esta tradición utilizando banderas blancas con inscripciones como «No hay más dios que Alá, y Mahoma es su profeta» para las unidades militares de 100 soldados. El color blanco representaba el rigor espiritual, mientras que las banderas negras individuales podían simbolizar la lucha contra la «incredulidad», reflejando la conexión con el califato abbasí de Bagdad. Los almohades, que gobernaron de 1121 a 1269, utilizaron banderas blancas con citas del Corán como «Tu Dios es el único Dios» (Corán 2:163), haciendo hincapié en el monoteísmo y la reforma religiosa. Algunas fuentes mencionan banderas en damero rojo, negro y blanco de tribus individuales o unidades militares, pero el blanco siguió siendo el color dominante del Estado. Los meriníes (1244-1465) y los vattasíes (1472-1549) conservaron banderas blancas con inscripciones que simbolizaban la pureza y el poder, que ondearon sobre Fez, la capital meriní, y se utilizaron en las batallas contra las fuerzas cristianas en Andalucía.
La dinastía Saadin, que llegó al poder en 1549, siguió utilizando banderas blancas para enfatizar la devoción religiosa y la autoridad dinástica. Inscripciones como «Alá quiere purificaros, oh gente de la casa» (Corán 33:33) reflejaban la conexión con el profeta Mahoma a través de los sharif, descendientes de su familia. El color blanco simbolizaba la paz, la fuerza espiritual y la pureza, lo que fue importante en la lucha contra los puestos portugueses en la costa, en particular en la batalla de Al-Qasr al-Kebir en 1578, en la que venció Marruecos. Las banderas seguían siendo sencillas, sin emblemas complicados, y se utilizaban tanto en campañas militares como con fines ceremoniales, confirmando la unidad de Marruecos bajo los saadíes. Estos estandartes ondeaban sobre la nueva capital, Marrakech, y en las misiones diplomáticas al Imperio Otomano.
Con la llegada al poder de la dinastía alauita en 1666, la bandera roja se convirtió en el símbolo nacional. Este color representaba el valor, el sacrificio y una conexión con el profeta Mahoma a través de los descendientes de su hija Fátima y su yerno Alí, el cuarto califa. El color rojo también se asociaba con los sharifs de La Meca y los imanes de Yemen, lo que daba a la dinastía legitimidad religiosa a ojos de los musulmanes. La bandera era una simple tela roja sin símbolos, que se izaba a diario en las fortalezas de Rabat, Salé, Tánger y otras ciudades, simbolizando el poder del sultán. En los siglos XVIII y XIX, el color rojo reflejaba la unidad panárabe y la resistencia a la presión europea, sobre todo de Portugal, España y Francia. La bandera se utilizaba en las relaciones diplomáticas, por ejemplo, durante las negociaciones con el Reino Unido, así como en las operaciones navales en las que los barcos marroquíes se enfrentaban a la piratería.

En 1912, Marruecos pasó a estar bajo los protectorados francés y español, lo que cambió el uso de los símbolos nacionales, aunque la bandera roja permaneció como símbolo del sultanato en tierra. En 1915, por decreto del 17 de noviembre, el sultán Yusuf añadió al paño rojo una estrella verde de cinco puntas, conocida como el Sello de Salomón, que simboliza la sabiduría y la protección. Durante el protectorado (1912-1956), se impusieron restricciones coloniales en el mar, lo que dio lugar a la aparición de banderas distintas. En la zona francesa se utilizó la bandera roja del sultanato con la adición de una tricolor azul-blanca-roja en el cantón (esquina superior izquierda), símbolo del poder y el control franceses sobre la política exterior y la defensa. La zona española utilizó una bandera roja con un campo verde sobre el que se colocó una estrella blanca de cinco puntas, reflejando la influencia española pero conservando los símbolos islámicos para la población local. En 1921-1926, la República del Arrecife, dirigida por Abd al-Kerim, operó en el norte de Marruecos, utilizando una bandera roja con un rombo blanco en el centro, una media luna verde y una estrella de seis puntas. El color rojo representaba la resistencia a la colonización, el diamante blanco la pureza de intenciones, y la media luna y la estrella la identidad islámica y la lucha por la libertad. Esta bandera se convirtió en símbolo del movimiento anticolonial. Tras obtener la independencia el 2 de marzo de 1956, la bandera roja con una estrella verde de cinco puntas, con proporciones de 2:3, se convirtió en el símbolo nacional oficial. La estrella ocupa un tercio de la altura de la bandera y apunta hacia arriba, simbolizando la elevación espiritual. Este diseño representa el coraje, la fe, la unidad y el patrimonio natural de Marruecos, y permanece inalterado hasta nuestros días.