Época precolonial. Antes del contacto con los europeos, el territorio de la actual Botsuana estaba habitado principalmente por pueblos de habla tsuana, organizados en varias jefaturas: los bangwato, los bakwena, los bangwaketse y otros. Estas entidades no utilizaban banderas en el sentido europeo del término; la autoridad política se expresaba a través de la institución del kgosi (jefe), de la riqueza en ganado y de la kgotla, la asamblea pública tradicional.
Protectorado de Bechuanalandia (1885-1966). En 1885, ante el temor a la expansión de los colonos bóeres del Transvaal y de la British South Africa Company de Cecil Rhodes, varios jefes tsuana —el más célebre de los cuales fue Khama III, de los bangwato— solicitaron la protección de la Corona británica. El territorio fue declarado Protectorado de Bechuanalandia, administrado de forma separada de la Colonia del Cabo y, lo que resulta esencial, jamás incorporado a Sudáfrica. Durante todo este período, el territorio no contó con bandera propia y estuvo representado por la Union Jack británica. Una particularidad de Bechuanalandia es que hasta 1965 la sede administrativa del protectorado se encontraba fuera de sus fronteras, en Mafeking (actual Mahikeng), en Sudáfrica.
Camino a la independencia (1965-1966). En 1965 se concedió el autogobierno interno, la capital se trasladó a la recién construida ciudad de Gaborone, y Seretse Khama —heredero de la jefatura de los bangwato y fundador del Partido Democrático de Bechuanalandia— se convirtió en primer ministro. A medida que se acercaba la independencia, el Gobierno descartó deliberadamente varios diseños de bandera basados en los colores panafricanos. El diseño elegido buscaba subrayar que el nuevo Estado no se definiría por categorías étnicas o raciales, sino por una ciudadanía compartida y por el papel central del agua en la vida nacional.
La independencia y la adopción de la bandera (1966). El 30 de septiembre de 1966, el Protectorado de Bechuanalandia se convirtió en la República independiente de Botsuana, con Seretse Khama como su primer presidente. A medianoche de ese mismo día, en Gaborone se arrió la Union Jack y se izó por primera vez la nueva bandera azul, negra y blanca. Desde entonces el diseño se ha mantenido sin modificación alguna, algo poco frecuente en la África poscolonial, donde la mayoría de los Estados han revisado sus banderas al menos una vez.
Situación actual. La bandera de Botsuana figura entre los símbolos nacionales más estables del continente. Su uso está regulado por la legislación nacional sobre símbolos del Estado, y ondea junto al escudo del país (con dos cebras y el lema «Pula») y al himno nacional «Fatshe leno la rona» («Nuestra tierra»). La bandera se ve con frecuencia en eventos deportivos, en particular durante los partidos de la selección nacional de fútbol, apodada «las Cebras», sobrenombre que remite directamente a la misma simbología en blanco y negro.
