En el Paraguay prehistórico, los nativos utilizaban diversos elementos como plumas, astas de ciervo y otros elementos para identificar a su tribu. Durante la emancipación política en 1811, se izó una bandera azul con una estrella blanca de seis puntas, que era diferente de la bandera española y simbolizaba la independencia del país. Esta bandera se utilizó durante todo el periodo de emancipación y se convirtió en el precursor del primer emblema nacional de Paraguay.
Durante el Congreso General de Paraguay, que tuvo lugar en 1811, se izó una bandera formada por tres franjas horizontales: azul y roja y amarilla, colores de la bandera española. Se utilizó desde 1811 hasta 1812.

La primera bandera de la República del Paraguay fue roja, blanca y azul sin el escudo real. Fue izada el 15 de agosto de 1812 y utilizada hasta aproximadamente 1826, cuando fue reemplazada por una nueva bandera.

En 1826, el Dr. Gaspar Rodríguez de Francia introdujo por decreto especial una bandera azul con una estrella blanca de seis puntas. Sin embargo, hasta 1840, esta bandera se utilizó junto con otra tricolor, ya que muchas guarniciones no disponían de una bandera propia. Posteriormente, en 1842, se promulgó un decreto sobre una única tricolor, que no permitía izar otras banderas. Desde entonces, la tricolor no ha cambiado y sigue utilizándose en esta forma. Los únicos cambios afectaron a las proporciones de la bandera y al escudo de armas, que se colocó en la franja blanca central.