La primera bandera de Ecuador puede considerarse la bandera utilizada durante la primera junta en Quito en 1809 - la Cruz de Borgoña del imperio colonial español, sólo que con colores opuestos. La cruz original era roja sobre fondo blanco, mientras que la bandera de Ecuador tiene una cruz blanca sobre fondo rojo. Esta bandera fue utilizada por la segunda junta en 1810, y después de un intento de volarla por el gobierno de Quito en 1811. La bandera azul y blanca fue aprobada como emblema de la asamblea de la ciudad tras la victoria en la lucha por la independencia de Guayaquil en 1820. Esta bandera tenía cinco franjas de color azul y blanco, y en la franja azul central había tres estrellas blancas de cinco puntas que representaban los tres distritos administrativos: Portoviejo, Machala y Guayaquil.

En junio de 1822, la bandera de la ciudad de Guayaquil cambió tras su adhesión a la República de Colombia. La bandera original era blanca con una estrella blanca sobre fondo azul en el cantón, pero por orden de Bolívar se sustituyó rápidamente por el tricolor colombiano. Para algunos historiadores, sin embargo, esta bandera sigue simbolizando la independencia de Guayaquil y señala su identidad única como provincia libre. Aunque las dos estrellas de la bandera fueron reemplazadas por una, esto no significó la pérdida del territorio de Guayaquil, sino que sólo enfatizó su diferencia con otras provincias.

En el Congreso Constitucional de Colombia se decidió adoptar la bandera venezolana como bandera de Colombia, y posteriormente se creó una bandera oficial con un nuevo escudo de armas. Esta bandera se utilizó de 1822 a 1830. Tras el colapso de Colombia, Ecuador se convirtió en uno de los tres estados de la antigua Colombia y utilizó la bandera de Colombia con un escudo de armas modificado. Sin embargo, en el Congreso Constituyente de 1835 se proclamó la República independiente de Ecuador. La bandera se mantuvo en uso hasta la convención constitucional de 1843, que dio lugar a un cambio en el escudo de armas. El siguiente escudo se creó en 1843 y se mantuvo sin cambios hasta la rendición del General Flores. Sin embargo, debido al infructuoso rumbo socioeconómico seguido por Flores, el descontento se extendió por el país, lo que desembocó en la revolución de 1845.

Durante esta revolución se adoptó una nueva bandera, que lucía un tricolor blanco, azul y blanco con franjas verticales y tres estrellas que simbolizaban las regiones administrativas de Ecuador. Por decreto del 6 de noviembre de 1845, el número de estrellas pasó de tres a siete, como símbolo de las siete provincias que componen la República.

Sin embargo, en 1860, el jefe supremo Gabriel García Moreno obligó a restablecer la bandera colombiana, en lugar de las franjas blancas y azules con siete estrellas, para reflejar la unidad de las provincias. En 1861, este decreto fue ratificado por la Convención Nacional, por lo que la tricolor se convirtió en la bandera oficial de Ecuador. El 31 de octubre de 1900 se inscribió en el registro oficial que la bandera nacional debía ser tricolor, como lo era en el momento de la independencia del país, y se añadió un escudo de armas para uso oficial. En noviembre de 2009 se modificó por última vez la bandera y se publicaron normas que describían el uso y las proporciones de la bandera nacional, el escudo y otros símbolos nacionales.