La historia de la bandera boliviana comenzó en 1825, cuando Bolivia se convirtió en república independiente. La primera bandera tenía franjas verticales de color verde, rojo y verde, donde la franja roja era mucho más ancha que las verdes y contenía cinco estrellas en el centro, símbolo de los cinco departamentos fundadores del país. La segunda bandera, que apareció en 1826, tenía una franja horizontal amarilla sobre tres franjas verticales de la bandera anterior y el escudo de Bolivia en el centro. En 1831, durante la presidencia de Andrés de Santa Cruz, las franjas se cambiaron por tres franjas horizontales de color amarillo, rojo y verde. La bandera civil constaba sólo de franjas de colores, mientras que la bandera nacional contenía además el escudo de armas en el centro. También, durante 1836-1839, existió una bandera de la Confederación Peruano-Boliviana con escudos entrelazados y ramas de laurel.

La bandera boliviana se creó en 1851 durante el Congreso Nacional de Oruro. El entonces presidente de Bolivia, Manuel Isidoro Belsu, observó un arco iris de colores rojo, amarillo y verde en el cielo y decidió utilizar estos colores en la bandera. El diseño oficial de la bandera se aprobó el 31 de octubre de 1851 y tenía tres franjas de igual tamaño: roja en la parte superior, amarilla en el centro y verde en la parte inferior. Dos días después, el 7 de noviembre de 1851, la bandera fue izada en lo alto de una colina sobre el Faro de Conchupata, en Oruro. En 1888, se aprobó una ley que establecía el uso oficial de la bandera y estipulaba que las tres franjas de la bandera debían ser del mismo tamaño. El diseño y los colores de esta bandera permanecen inalterados hasta nuestros días.

En 2004, se estableció que la bandera civil se utilizaría en actos públicos y cívicos, mientras que la bandera con el escudo de armas se mantendría para actos oficiales.