Antes de la colonización, Wallis y Futuna existían como reinos polinesios separados, cada uno con sus propias tradiciones y estructura política. Las islas estaban gobernadas por jefes y reyes locales que se regían por las costumbres y leyes locales. Aunque no existían banderas oficiales en el sentido moderno, muchas sociedades polinesias tenían símbolos religiosos y culturales que desempeñaban un papel importante en sus vidas. Cada uno de los reinos (Uvea en Wallis y Alo y Sigaa en Futuna) utilizaba sus propios símbolos tradicionales asociados a las familias reales, pero estos símbolos no se representaban en forma de banderas.
Antes del protectorado francés, el reino de Uwea (Wallis) tenía una bandera roja con una cruz blanca que se parecía a la cruz de Malta. Esta cruz fue introducida por los misioneros católicos franceses, los Hermanos Maristas, como parte de sus actividades de evangelización. Cuando se estableció oficialmente el protectorado francés en 1887 para Wallis y en 1888 para Futuna, se añadió el tricolor francés al cantón de la bandera existente. Este cambio simbolizaba el nuevo estatus político de las islas bajo protectorado francés. La bandera roja con una cruz blanca se convirtió en la representación oficial de Uva y más tarde se extendió a la totalidad de Wallis y Futuna, con variaciones de la bandera que representaban sus reinos tradicionales conservadas en cada isla junto a la bandera francesa. La adición de la tricolor francesa en el cantón significó la soberanía francesa sobre las islas, preservando al mismo tiempo la identidad cultural y religiosa establecida a través de la cruz.
En 1961, Wallis y Futuna fueron reconocidas oficialmente como territorio francés de ultramar, lo que consolidó aún más la presencia de símbolos franceses en la bandera local. Este estatus permitió a las islas conservar cierto grado de autonomía mientras estaban bajo control administrativo francés. Así, la bandera pasó a simbolizar esta doble identidad: tradicional y colonial. En la década de 1980, las islas Wallis y Futuna experimentaron un importante avance en su identidad cultural: los reinos de Alo(3) y Sigave(2), que forman parte de Futuna, crearon sus propias banderas. Esto se hizo para enfatizar su soberanía e identidad locales, mientras que la bandera tradicional de Wallis y Futuna se mantuvo para el reino de Uvea(1) (Wallis).

Las tres banderas contienen el tricolor francés en la esquina, símbolo de la conexión con Francia, que es la soberana de estos territorios. Estas banderas se siguen utilizando durante las celebraciones y fiestas tradicionales.
La actual bandera no oficial de Wallis y Futuna consiste en un paño rojo con cuatro triángulos blancos que forman la cruz de San Andrés en el centro. En la esquina superior izquierda está la tricolor francesa, rodeada por un borde blanco, símbolo del estatus del territorio como comunidad francesa de ultramar. Esta bandera se ha convertido en un símbolo muy extendido y se utiliza tanto en actos oficiales como durante las celebraciones culturales de las islas. La cruz blanca, formada por cuatro triángulos, representa a los tres reinos de las islas Wallis y Futuna (Uvea, Alo y Sigave), así como al administrador que actúa en nombre de Francia. Se desconoce el año exacto de creación de esta bandera, pero su uso es más activo desde la década de 1980, cuando cada uno de los tres reinos recibió sus propios símbolos.