La isla fue descubierta por Cristóbal Colón durante su segundo viaje al Nuevo Mundo el 11 de noviembre de 1493, día de San Martín de Tours, en cuyo honor recibió su nombre. Sint Maarten estaba habitada originalmente por pueblos indígenas como los arawaks y los caribes, que vivían aquí mucho antes de la llegada de los europeos.
La colonización europea de la isla comenzó en 1631, cuando los holandeses establecieron su primer asentamiento permanente en la isla y construyeron Fort Amsterdam. En las décadas siguientes, la isla cambió de manos entre holandeses, españoles, franceses y británicos, hasta que finalmente se dividió entre Holanda y Francia en 1817.
La historia de la bandera de San Martín forma parte de su herencia colonial y su identidad nacional. Desde la época de la colonización por los holandeses hasta que la isla obtuvo su autonomía, utilizó las banderas de la metrópoli. La bandera de los Países Bajos siguió siendo la bandera oficial.
Sin embargo, con la consecución de la autonomía en 2010 como parte del Reino de los Países Bajos, Sint Maarten adoptó su propia bandera para simbolizar su nuevo estatus. La bandera de San Martín fue aprobada el 13 de junio de 1985.