En 1821, al comienzo de la Revolución griega, cada cuerpo militar tenía su propia bandera, ya que no existía un mando único. Las banderas revolucionarias representaban o bien la simbología tricolor de la Sociedad de Amigos (blanco, negro y rojo) con imágenes de símbolos como un ave fénix surgiendo de las cenizas o un ancla, banderas con una cruz o un águila, etc. Muchos pueblos utilizaban también las banderas de sus iglesias parroquiales.
En 1822 se celebró en Epidauro la Primera Asamblea Nacional, que aprobó la "Constitución Provisional de Grecia", la primera constitución griega. En esta constitución, se decidió que la bandera griega tendría los colores azul y blanco y que la forma la establecería el poder ejecutivo, es decir, el gobierno. De este modo, se establecieron los principios básicos del diseño de la bandera griega, que se siguen observando en la actualidad. El 15 de marzo de 1822 se emitió la Decisión 540 del Poder Ejecutivo, firmada por el Presidente del Cuerpo, Alexander Mavrokordatos.

En 1832 se añadió el emblema real a las banderas del ejército y la armada, pero se suprimió con la abolición del reinado de Otón. Más tarde, durante el reinado de Jorge I, se añadió la corona real a las banderas del ejército y la marina, y a la bandera de infantería se le dio la imagen de San Jorge. En 1914 se promulgó un real decreto que determinaba la forma de las banderas sin cambiar sus características básicas. Sin embargo, en 1924 se retiraron las coronas de las banderas para aplicar la resolución de la Cuarta Asamblea Nacional Constituyente de Atenas "Sobre la proclamación de la democracia", pero fueron devueltas en 1935. Posteriormente, la junta de coroneles eliminó la corona de las banderas, y una nueva resolución en 1969 abolió la bandera de infantería, dejando la de la marina como bandera oficial. En 1970, la proporción de banderas pasó de 2:3 a 7:12.
Tras la restauración de la República a finales de julio de 1974, se promulgaron una ley y un decreto presidencial que describían detalladamente los símbolos de la bandera. Sin embargo, una ley posterior de 1978 estableció que la bandera nacional debía ser azul y blanca y constar de nueve franjas horizontales, la primera y la última de las cuales debían ser azules. En el ángulo superior izquierdo hay una cruz blanca sobre un cuadrado azul. La proporción entre la anchura y la longitud de la bandera es de 2:3.