Las primeras referencias al uso de banderas por los antepasados tayikos se conservan en el Avesta. Por ejemplo, en el primer capítulo del Rig Veda, se caracteriza a Bactria como "hermosa, con banderas izadas en alto". Algunos investigadores sugieren que las banderas mencionadas en el Avesta son similares a las famosas "banderas cavias" de épocas posteriores o a los antiguos "vexillum" romanos, banderas cuadradas que colgaban de una barra horizontal sujeta a una lanza, como los estandartes modernos de las iglesias.
La República Socialista Soviética Autónoma de Tayikistán se creó el 14 de octubre de 1924. Según la resolución del Presidium del Comité Ejecutivo Central de la ASSR tayika del 23 de febrero de 1929, la bandera nacional era un paño rojo con el emblema del Estado en la esquina superior izquierda, consistente en una dosa (hoz tayika) y un martillo dorados colocados en cruz con los brazos hacia abajo y situados sobre una estrella de cinco puntas, sobre la que sale el sol en el cielo azul desde detrás de unas montañas cubiertas de nieve. La estrella está rodeada por una corona de espigas de trigo a la derecha y una rama de algodón a la izquierda sobre un fondo naranja. La corona está atada en la parte inferior con una cinta roja.
Debajo de la estrella hay una inscripción en ruso: "Proletarios de todos los países, ¡uníos!". Sobre la estrella figura el mismo lema en persa: "پرالتارهای همۀ جهان یک شوید". Todas las inscripciones están dispuestas en semicírculo sobre una cinta dorada en forma de media luna.

En el periodo de 1931 a 1946, la bandera tenía un diseño similar y difería poco. Con la unificación de la República de Tayikistán y la adopción de la nueva Constitución el 25 de febrero de 1931, su bandera era un paño rojo con la inscripción "ÇSS Toçikiston". Posteriormente, se añadieron a la inscripción una hoz y un martillo, y más tarde se cambió la inscripción por la tayika "RSS Toçikiston" y la rusa "Tajik SSR".
De 1953 a 1991, la bandera adoptó un nuevo aspecto. Ahora estaba dividida en dos partes: la superior era roja con una hoz, un martillo y una estrella encima, y la inferior tenía dos franjas de color blanco y verde, con la franja blanca el doble de ancha que la verde. El color blanco simboliza el cultivo del algodón, y el verde simboliza otros productos agrícolas.
En 1991, se eliminaron todos los símbolos de la bandera, dejando sólo la composición cromática, cambiando el tono de rojo a claro. Finalmente, el 24 de noviembre de 1992, la bandera adquirió su aspecto moderno: una tricolor roja, blanca y verde con una corona dorada y siete estrellas en el centro.