Época precolonial y el Reino de Dahomey. Antes de la llegada de los europeos, el territorio del actual Benín fue sede del poderoso Reino de Dahomey (siglos XVII–XIX), con capital en Abomey. Este reino no utilizaba banderas al estilo europeo, pero contaba con una rica tradición de tapices de apliques: paneles de tela simbólicos que representaban a los reyes y los grandes acontecimientos y cumplían una función heráldica. Los célebres emblemas de los reyes de Dahomey —el león, el tiburón y el búfalo— proceden de esta tradición.
Colonización francesa (1894–1958). En 1894, Dahomey fue conquistada definitivamente por Francia e incorporada al África Occidental Francesa. Sobre el territorio ondeaba la bandera de la República Francesa —la tricolor azul, blanca y roja— y la colonia de Dahomey carecía de bandera propia.
Autonomía y nacimiento de la bandera nacional (1958–1959). El 4 de diciembre de 1958, Dahomey se convirtió en una república autónoma dentro de la Comunidad Francesa. Menos de un año después, el 16 de noviembre de 1959, la Asamblea Constituyente aprobó el diseño actual. La elección de los colores panafricanos remitía deliberadamente a Etiopía, símbolo de la libertad africana, y a Ghana, que había obtenido la independencia en 1957.
Independencia en 1960. El 1 de agosto de 1960, Dahomey proclamó la independencia de Francia, y la bandera adoptada el año anterior pasó a ser, de forma automática, la enseña del Estado. Los primeros años de independencia estuvieron marcados por una serie de golpes militares, pero la bandera permaneció inalterada.
República Popular de Benín (1975–1990). El 30 de noviembre de 1975, el régimen de Mathieu Kérékou, llegado al poder con el golpe de 1972, proclamó la República Popular de Benín y adoptó el marxismo-leninismo como ideología oficial. El antiguo nombre «Dahomey» fue sustituido por «Benín» (en referencia al golfo histórico y no a la ciudad nigeriana), y la bandera se modificó por completo: pasó a ser completamente verde con una estrella roja de cinco puntas en el cantón superior del asta, símbolo de la revolución y del «futuro socialista» del país. Esta bandera estuvo en uso durante casi quince años.
Restablecimiento de la bandera en 1990. A finales de los años ochenta, el régimen se enfrentó a una grave crisis económica y a un amplio movimiento de protesta. En febrero de 1990, la Conferencia Nacional de las Fuerzas Vivas de la Nación, celebrada en Cotonú, desmanteló de hecho el sistema de partido único. El 1 de agosto de 1990, en el trigésimo aniversario de la independencia, el país restableció oficialmente la bandera de 1959, sin la menor modificación. Este gesto simbolizó una ruptura clara con la etapa marxista y un regreso a los ideales originales de la independencia.
Situación actual. La bandera no ha sido modificada desde 1990. Su diseño está consagrado en la Constitución beninesa de 1990 y en las leyes relativas a los símbolos del Estado. Junto a la bandera, el país emplea también el escudo de Benín y el himno «L'Aube nouvelle» («El Nuevo Amanecer») como símbolos oficiales.
