Época precolonial. Mucho antes de la llegada de los europeos, el territorio de la actual Burkina Faso albergaba poderosos reinos mossi —en especial Uagadugú, Yatenga, Tenkodogo y Fada N'Gourma—, surgidos en torno a los siglos XI–XV. Estas entidades no utilizaban banderas en el sentido europeo: la autoridad real se expresaba a través de la institución del Mogho Naaba (emperador de los mossi), de las insignias cortesanas, los tambores y las lanzas ceremoniales. Junto a los mossi convivían los gurunsi, bobo, lobi, senufo, fulani y tuareg, cada uno con sus propios símbolos políticos.
Colonización francesa (1896–1958). Las tropas francesas conquistaron la capital mossi, Uagadugú, en 1896, y el territorio fue incorporándose progresivamente al África Occidental Francesa. En 1919 se creó la colonia del Alto Volta (Haute-Volta), denominada así por los tres ríos —el Volta Negro, el Volta Blanco y el Volta Rojo— que atraviesan el país. En 1932 la colonia fue disuelta y repartida entre Costa de Marfil, el Sudán Francés (actual Malí) y Níger, antes de ser reconstituida en 1947 tras una intensa labor de presión de los jefes mossi encabezados por el Mogho Naaba. A lo largo de todo este período, el territorio estuvo representado exclusivamente por el tricolor francés.
República del Alto Volta y la primera bandera (1958–1984). El 11 de diciembre de 1958, el Alto Volta se convirtió en república autónoma dentro de la Comunidad Francesa, y el 5 de agosto de 1960 obtuvo la plena independencia bajo la presidencia de Maurice Yaméogo. La primera bandera nacional, adoptada en 1959, era un tricolor horizontal negro, blanco y rojo, colores que remitían directamente a los tres ríos Volta (Negro, Blanco y Rojo). Esta bandera ondeó sobre el Alto Volta durante casi veinticinco años convulsos, marcados por varios golpes de Estado: Yaméogo fue derrocado por Sangoulé Lamizana en 1966, este fue depuesto a su vez por Saye Zerbo en 1980, y a continuación llegó al poder Jean-Baptiste Ouédraogo en 1982.

La revolución de Sankara y la nueva bandera (1983–1984). El 4 de agosto de 1983, un grupo de jóvenes oficiales de izquierda encabezado por el capitán Thomas Sankara tomó el poder y proclamó el Consejo Nacional de la Revolución (CNR). Sankara, que entonces tenía 33 años, puso en marcha uno de los programas de transformación más radicales de la historia africana: campañas masivas de vacunación, grandes operaciones de reforestación contra la desertificación, reformas a favor de los derechos de las mujeres y una profunda reorientación cultural del Estado. El 4 de agosto de 1984, primer aniversario de la revolución, el país pasó oficialmente a llamarse, de Alto Volta, Burkina Faso: un nombre híbrido que combina el mooré (burkina: "íntegro, honesto") y el dyula (faso: "patria"), con el significado de "patria de los hombres íntegros". Ese mismo día, la antigua bandera negra, blanca y roja fue sustituida por el actual diseño rojiverde con la estrella amarilla, y se adoptó un nuevo himno nacional, "Ditanyè" (también conocido como "Une seule nuit").
Después de Sankara (1987–actualidad). Thomas Sankara fue asesinado el 15 de octubre de 1987 en un golpe de Estado encabezado por su compañero de armas Blaise Compaoré, quien gobernaría el país durante los veintisiete años siguientes hasta ser apartado del poder por una insurrección popular en octubre de 2014. Pese a este drástico vuelco político —Compaoré desmanteló la mayor parte de las reformas de Sankara—, la bandera, el nombre del país y el himno se mantuvieron intactos, lo que demuestra hasta qué punto los símbolos de 1984 habían arraigado en la identidad nacional. Desde 2022, Burkina Faso ha vivido dos nuevos golpes militares que han llevado al poder al capitán Ibrahim Traoré; este reivindica abiertamente el legado de Sankara, y la bandera de 1984 sigue siendo su emblema visual central.